Preciso enviar o arquivo do meu certificado para emitirem nota em minha empresa?

Não, de maneira alguma envie seu certificado digital (arquivo pfx) seja e-CPF ou e-CNPJ para outra pessoa. 

Utilizando a Nota RP, você pode cadastrar usuários que terão acesso ao sistema de emissão de notas dentro da empresa desejada. Desta forma, você não precisa e não deve compartilhar ou enviar o seu certificado para qualquer outra pessoa.