Como faço para cadastrar as empresas de meus clientes?

Antes de tudo, faça o cadastro de sua própria empresa (contabilidade).

De preferência, busque cadastrar a contabilidade usando o e-CPF do contador, pois desta maneira você e seu cliente terão muitas vantagens.

Feito isto, acesse novamente o menu "Minha empresa" e depois clique em "Cadastrar nova empresa".

Preencha os campos para a inclusão da nova empresa e confirme. 

Depois disso, é só repetir o mesmo processo para cada um de seus clientes.

IMPORTANTE: depois de criar a empresa, lembre-se de incluir o e-mail do cliente na lista de usuários da empresa, para que ele também possa consultar, emitir e cancelar notas fiscais na empresa que estiver selecionada. Opcionalmente, também defina o e-mail do usuário dele como contato financeiro.